Robert y Catherine Wilson, antiguos propietarios del vivero tropical Los Jardines Fantásticos, en Miami, Florida, crearon el Jardín. Ellos migraron hacia el sur de Costa Rica en 1962 creando el jardín botánico sobre un terreno de cultivo de café abandonado y en tierras destinadas al pastoreo de ganado y agricultura de subsistencia. Roberto Burle Marx, famoso arquitecto paisajista brasileño y amigo de los Wilson, ayudó con el diseño inicial del terreno.
La habilidad de Robert Wilson como un jardinero talentoso permitió que rápidamente crecieran muchas plantas, especialmente las palmeras y bromelias. Stanley Smith, un industrial inglés establecido en Australia y devoto de las plantas tropicales, se convirtió en el principal patrocinador del Jardín Botánico Wilson. A partir de 1967 comenzó su apoyo, y hasta nuestros días un fideicomiso de horticultura a su nombre continúa siendo un benefactor clave para el Jardín.
En 1973, La Organización para Estudios Tropicales (OET) adquirió Las Cruces. Esta organización constituye un consorcio de universidades e instituciones de investigación sin fines de lucro de Estados Unidos, Costa Rica, Perú, México, Sur Africa y Australia. Actualmente, la OET opera tres estaciones biológicas en Costa Rica: Las Cruces, La Selva y Palo Verde, como parte de su misión que se propone generar liderazgo en educación, investigación y el uso responsable de los recursos naturales en el trópico.
El Jardín Botánico Wilson se ubica a 1.200 msnm sobre la Fila Cruces en las montañas costeras, en el cantón de Coto Brus, alrededor de 300 km hacia el sureste de San José. Las temperaturas en Las Cruces son agradables y oscilan entre 21° – 27° C (70° – 80° F) durante el día, y entre 15° – 21° C (debajo de 60° F) por la noche. La época seca es de enero a abril y la media de precipitación anual es de aproximadamente 4.000 mm.
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